Điều trị Đông y gồm có phương pháp châm cứu, các thuốc uống hoặc dùng ngoài da, và cả xoa bóp.

Phương pháp châm cứu dựa trên hệ thống kinh mạch được miêu tả chi tiết với hàng trăm huyệt trên cơ thể. Các huyệt và các đường kinh mạch có mối liên hệ với các tạng, phủ trong cơ thể, để điều trị các rối loạn ở tạng phủ nào, rối loại kiểu nào thì can thiệp vào các huyệt tương ứng và một số huyệt khác để hỗ trợ nếu cần thiết. Điều đặc biệt là hệ thống các huyệt, kinh mạch đó không thể dùng các phương pháp giải phẫu, sinh lý của Tây y để miêu tả được, tuy rằng trong thời đại ngày nay, châm cứu được sử dụng như một phương pháp gây vô cảm (gây tê) trong một số cuộc phẫu thuật (Đông Tây y kết hợp).

Thuốc Bắc là các vị thuốc được khai thác và bào chế theo sách của Trung Quốc truyền sang (và phát triển bởi các lương y người Việt). Thuốc Nam là các vị thuốc do các thầy thuốc khám phá trên lãnh thổ Việt Nam. Các vị thầy thuốc nổi tiếng được xem là bậc tổ của nghề y Việt Nam là Lê Hữu Trác (còn lưu truyền bộ Hải Thượng Y Tông Tâm Lĩnh là sách căn bản của Đông y Việt Nam) và Tuệ Tĩnh (tác giả của câu nói nổi tiếng "Nam dược trị Nam nhân" - thuốc Nam dùng chữa bệnh cho người Nam).

Lưu ý: Phương pháp cạo gió được dùng rộng rãi trong dân gian chưa được ngành Đông y chính thức công nhận và phương pháp chích lễ cũng còn nhiều bàn cãi.